Aliens M41-A in doos NERF limited edition

Het verhaal van Aliens speelt 57 jaar na de eerste film, Alien. Ellen Ripley, de enige overlevende van het ruimteschip Nostromo, wordt in hyperslaap aangetroffen in de shuttle waarin ze aan de Alien is ontsnapt. Ze wordt na weer te zijn gewekt naar haar opdrachtgever, de Weyland-Yutani corporatie, gebracht om verslag te doen van de gefaalde missie van de Nostromo. Haar verhaal over de alien wordt echter niet geloofd daar ze geen fysiek bewijs heeft. Ze verliest haar licentie om met ruimteschepen te mogen vliegen.

Al snel ontdekt Ripley dat in de afgelopen 57 jaar de planetoïde LV-426, waar het ei van de Alien werd gevonden, gekoloniseerd is. Wanneer men alle contact met de kolonie verliest, wordt Ripley benaderd door Carter Burke (een vertegenwoordiger van Weyland-Yutani) en luitenant Gorman van de koloniale marine. Burke heeft opdracht gekregen met een groep mariniers naar de kolonie te gaan om uit te zoeken wat er gaande is. Ripley zal haar status bij Weyland-Yutani terugkrijgen als ze hem vergezelt. Ripley weigert eerst vanwege haar ervaringen met de alien, maar accepteert uiteindelijk daar de missie wellicht een manier is voor haar om haar angsten onder ogen te zien. Met een oorlogsschip genaamd de Sulaco vertrekken zij, Burke en een groep mariniers bestaande uit onder andere Sergeant Apone, Korporaal Hicks, Soldaten Vasquez en Hudson, en de androïde Bishop naar LV-426. Ripley kan niet goed overweg met Bishop vanwege haar ervaringen met de androïde Ash.

Eenmaal op LV-426 lijkt de kolonie te zijn verlaten. Wel vindt de groep twee alien-facehuggers in een medisch lab. Ook vinden ze een meisje genaamd Newt, dat blijkbaar getraumatiseerd is door iets. De mariniers vermoeden dat de kolonisten zich hebben teruggetrokken in een station met een kunstmatige atmosfeer. Daar aangekomen vinden ze echter een aliennest vol met cocons, waar de kolonisten in zitten. De aliens duiken onverwacht op en vallen de groep aan. De meeste leden van de groep overleven de aanval niet. Ripley slaagt erin om Hicks, Vasquez, en Hudson in veiligheid te brengen. Gorman verliest het bewustzijn, dus neemt Hicks het commando over. Hij wil met de overlevenden terugkeren naar de Sulaco om het aliennest vanuit de lucht te vernietigen. Een alien gaat echter mee aan boord van de shuttle waarmee de crew naar de Sulaco wil afreizen, en doodt de piloot. Daardoor stort de shuttle neer op de planeet. Zonder toegang tot de Sulaco zit er voor de groep niets anders op dan zich te barricaderen in een verlaten gebouw.

Ripley ontdekt dat Burke de missie naar LV-426 enkel en alleen heeft opgezet in de hoop de aliens te kunnen meenemen naar de Aarde en ze in te zetten als wapen. Ze dreigt hem te ontmaskeren, maar Bishop informeert de groep dat er een groter gevaar is dan de aliens. De nucleaire energiekern van het basisstation is onstabiel geworden en zal spoedig ontploffen. Hij komt met het idee om via de zender van de kolonie op afstand een nieuwe shuttle uit de Sulaco te halen. Voordat ze dit plan kunnen uitvoeren, worden Hudson, Burke, Gorman, en Vasquez gedood door een tweede aanval van de aliens. Newt wordt door de aliens gevangen.

Ripley en de gewonde Hicks slagen erin om een nieuwe shuttle op te roepen. Ripley wil Newt niet achterlaten. Ze volgen de aliens daarom naar de nestkamer, waar zich de alien-koningin bevindt. Ripley vernietigt de meeste eieren in de kamer, waarmee ze echter de aandacht van de koningin trekt. Ripley, Hicks en Newt kunnen echter aan haar ontkomen en vluchten met de shuttle weg van de planetoïde, net voor de kernexplosie plaatsvindt.

Terug in de Sulaco blijkt de alienkoningin met de shuttle te zijn meegelift. Ripley bevecht het monster met behulp van een exopak, waarna ze de koningin uiteindelijk via een luchtsluis uit het schip kan gooien